木瓜溪位於花蓮縣秀林鄉內, 溪水清澈，溪水兩旁的奇岩遍佈，是賞石觀景都適合。

木瓜山聳立在該溪進入平原的要口, 流經花蓮縣秀林鄉、壽豐鄉與吉安鄉，為吉安鄉與壽豐鄉的界河, 所以命名”木瓜溪”

木瓜溪擁有銅文蘭溪、清水溪、清流溪、龍溪、鳳溪、檜溪、丸田溪、天長溪與奇萊溪等支流。

銅門發電廠、榕樹發電廠與初英發電廠等八座電廠，其中以龍澗發電廠的發電量最大。